Apoyo de ramas

Swofford, D. L. 2003. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

Bootstrap y jackknife

 

1. Abre PAUP.

2. Teclea "log file=conifer-apoyo.log replace=yes".

3. Abre el archivo conifer-rbcL.nex y guardalo en la carpeta de PAUP.

4. Abre el archivo conifer-rbcL.nex ("mode" "execute").

5. Teclea "ts". ¿Cuántos taxa hay? ¿Se puede realizar una búsqueda exacta, o hay que realizar una búsqueda heurística?

6. Teclea "set maxtrees=1000 increase=no".

7. Se puede realizar una búsqueda heurística (p. ej., con el comando "hs /addseq=rand nchuck=100 chuckscore=1"), pero esto fue tema de un ejercicio anterior. En este ejercicio, el objetivo es medir el apoyo para las ramas en los AMPs.

8. Teclea "bo nreps=100 /addseq=simple". (Para una búsqueda más profunda pero que se tarda más, se puede subir el número de réplicas a 1000 o 10,000. También se puede emplear "/addseq=rand").

9. Observa el árbol de mayoría que resulta del bootstrap. ¿Cómo son los valores de soporte para la posición del clado con Ephedra, Gnetum y Welwitschia?

10. Teclea "savetrees maxdeci=0 from=1 to=1 saveboot=both file=conifer-rbcL-bo.tre".

11. Teclea "jac nreps=100". ¿Cuál porcentaje de caracteres son removidos por defecto?

12. Al terminar el análisis, teclea "savetrees maxdeci=0 from=1 to=1 saveboot=both file=conifer-rbcL-jac.tre;"

13. Teclea "log stop"

14. Abre el archivo "conifer-rbcL-bo.tre" y "conifer-rbcL-jac.tre" en FigTree. Para los dos archivos debe aparecer una ventana "input". Cambia "labels" a "bootstrap" y "jackknife" para los archivos respectivos y clic "ok".

15. Selecciona "branch labels" y en "Display" selecciona "bootstrap" para el archivo de bootstrap, y "branch labels" y "jackknife" para el archivo de jackknife.

16. Compara los valores de bootstrap con los valores de jackknife.

17. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.