Mesquite

Mesquite está diseñado para archivos en formato NEXUS, el cual es un formato de archivo para información sistemática (Maddison, D.R., D. L. Swofford y W.P Maddison 1997). Además tiene la ventaja de poder importar archivos de otros formatos. El programa Mesquite está escrito con el lenguaje Java, lo cual permite, que se encuentre disponible para Mac, Windows y Unix. La principal utilidad de este programa es crear y editar matrices de datos, examinar la distribución de rasgos o características en una filogenia, probar hipótesis acerca de evolución de caracteres. Mesquite tiene es un programa modular, lo cual permite que otros programadores enriquezcan el programa con nuevos módulos.

Instalar Mesquite

Antes de comenzar asegúrate de que tengas actualizado Java.

Para descargar el programa ingresa a la página de Mesquite.

Instala el software dando doble click al archivo de descarga “download”. El instalador producirá múltiples archivos y cuatro iconos correspondientes a Mesquite, con diferentes cantidades de memoria en los nombres. Se puede elegir el icono de Mesquite y crear un acceso directo al escritorio. 

Instalar Muscle

Baja MUSCLE, el cual es un algoritmo de alineamiento usado para secuencias moleculares.

Da click en la barra de descargables que se encuentra del lado izquierdo y selecciona el sistema operativo.

Guarda el archivo en un directorio de downloads. Si es necesario, descomprime el archivo.

Mueve el archivo a un folder cerca de "root" donde se encuentra tus archivos de análisis filogenético. Es necesario indicar la ubicación del programa para el paso de alineamiento en secuencias moleculares. Si seguiste todas las indicaciones el software debe estar instalado y listo para analizar datos.

Ejercicio de alineamiento

Al abrir el programa Mesquite, se abrirán simultáneamente tres ventanas: Una ventana negra, la ventana de Mesquite (con una barra “File”; “Edit”; “Window” y “Help” y cuatro pestañas “Log”; “Projects and Files”; “Search” y “Simplification”) y por ultimo aparecerá una ventana de “Startup”.

1. Para abrir un archivo existente en la parte superior izquierda da click en File→Open. Elige el archivo donde están tus secuencias en formato FASTA. Para este ejercicio se usará el archivo “Secuencias.fasta”. Da click en OPEN.

2. Mesquite detecta si un archivo no es formato NEXUS, la ventana “Translate File” te preguntará que tipo de archivo es selecciona FASTA (DNA/RNA) y da click en OK.

3. Guarda el archivo importado en formato NEXUS, escribiendo la extensión “.nex” de lo contrario se guardará en forma incorrecta. Da click en SAVE.

4. La matriz aparecerá en colores con caracteres alfabéticos representando las cuatro bases de DNA (A, T, C, G).

5. Las secuencias aún no se encuentran listas para ser analizadas. Necesitan ser alineadas.

6. Para conocer que bases son homologas entre los taxones, las secuencias son alineadas usando el algoritmo de búsqueda MUSCLE para encontrar el mejor alineamiento entre las secuencias. Esto es realizado mediante iteraciones hasta encontrar el mejor alineamiento.

7. En la parte superior de la ventana Mesquite Selecciona “Matrix”→Align Multiple Sequences→Muscle Align

8. Una nueva ventana aparecerá. Selecciona NO “to running on a separate thread”.

9. Una ventana nueva se abrirá. En el campo, indica la ruta para el alineador MUSCLE, y da click en OK.

10. Para una mejor visión del alineamiento de tus secuencias usa el “Bird´s Eye View” el cual es un icono que se encuentra en la esquina inferior izquierda de la ventana de la matriz. El alineamiento crea patrones de líneas verticales del mismo color, estas regiones son de alta homología entre tus secuencias. Los espacios en blanco indican la ausencia de secuencias en la comparación.