BEAST-ejercicio

Drummond, A.J., S.Y.W. Ho, M.J. Phillips, and A. Rambaut. 2006. Relaxed phylogenetics and dating with confidence. PLoS Biology e88: 699–717.

Drummond, A.J., M.A. Suchard, D. Xie, and A. Rambaut. 2012. Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7. Molecular Biology and Evolution.

Matriz de ejemplo: primates.nex

Hayasaka, K., T. Gojobori, and S. Horai. 1988. Molecular phylogeny and evolution of primate mitochondrial DNA. Mol. Biol. Evol. 5:626-644.

 

Inferencia bayesiana

 

1. Instala el software de BEAST y revisa el manual en el sitio http://beast.bio.ed.ac.uk/Main_Page

2. Con un editor de texto como "Bloc de notas" abre el archivo "Primates.nex" en la carpeta BEAST/examples/Data. Revisa el archivo hasta el final. ¿Es lo mismo que está incluido con PAUP*?

3. Desde la página de downloads para BEAST, baja el ejercicio "Divergence Dating (Primates) v1.2.zip".

4. Desempaca el archivo .zip y sigue las instrucciones en el documento "Practical-DivergenceDating.pdf".

5. ¿Puedes sugerir otra manera de dividir la matriz en particiones?

6. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.