BLAST y MAFFT

Katoh K, Kuma K, Toh H and Miyata T (2005). MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment, Nucleic Acids Research 33(2), 511.

1. Visita la página http://www.ncbi.nih.gov

2. Da clic en "BLAST".

3. Da clic en: “Nucleotide BLAST”

4. Teclea el número de GenBank "EF590718" en la ventana "Enter accession number, gi, or FASTA sequence". Otra manera de llevar a cabo una búsqueda es pegar una secuencia en la misma ventana.

5. Para "Database" selecciona "Nucleotide collection".

6. Da clic en: "BLAST".

7. ¿Cuáles otros géneros aparecen entre los resultados?

8. En la parte de "Alignments", da clic en: "Select all" y "Distance Tree of Results". Revisa la página. Aqui existe la opción de bajar un árbol de distancia.

9. Regresa a la ventana anterior con los resultados de BLAST.

10. Da clic en: "Get selected sequences".

11. Selecciona "Display settings", "Format GenBank", "Items per page 100". Da clic en "Apply".

12. Espera mientras la página reformatea y selecciona "Send" y "File". Da clic en "Create File".

13. Abre el archivo en BioEdit y guardarlo con el nuevo nombre "Nopales.fas".

14. En BioEdit, selecciona "Accessory Applications" y "ClustalW".

15. Selecciona "align" y observa la ventana de DOS. ¿Cuáles son los tres pasos principales que realiza el programa durante alineamiento?

16. Realiza otra alineación con ClustalW, pero cambia los defaults para "gap weight" y "gap extension". ¿Cómo compara el alineamiento con el anterior?¿Qué es la longitud total de cada uno?

17. Visita la página http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/online/server/

18. Selecciona "Browse" y carga el archivo en el escritorio "Nopales.fas".

19. ¿Cuál método se usa MAFFT por default?

20. ¿Cuál "scoring matrix" se usa MAFFT por default para nucleótidos?

21. Da clic en "Submit".

22. Da clic en “Reformat”.

23. En la ventana "Output sequence format" selecciona "GenBank" y "Download to File".

24. Da clic en: “Submit”

25. Abre BioEdit.

26. Selecciona "File", "Open as" y "readseq.cgi".

27. ¿Qué es la longitud total del alineamiento?

28. ¿Cómo compara el alineamiento con los dos realizados en Clustal?

29. Regresa a la página de MAFFT con el alineamiento en formato CLUSTAL.

30. Da clic en: "Phylogenetic tree".

31. Selecciona "Average linkage".

32. Da clic en: "Go".

33. Da clic en: "Launch the Archaeopterix applet".

34. Cambia la fuente y explora las opciones.

35. ¿Las especies de Opuntia forman un grupo monofilético?

36. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.