BLAST, BioEdit, CLUSTAL y MAFFT

Altschul S., Gish W., Miller W., Myers E. and D. Lipman. 1990. Basic local alignment search tool, Journal of Molecular Biology 215: 403-410.

Katoh K., Kuma K., Toh H. and T. Miyata. 2005. MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment, Nucleic Acids Research 33: 511-518.

1. Visita la página http://www.ncbi.nlm.nih.gov

2. Da clic en "BLAST".

3. Da clic en: “Nucleotide BLAST”

4. Teclea el número de GenBank "EF590718" en la ventana "Enter accession number, gi, or FASTA sequence". Otra manera de llevar a cabo una búsqueda es pegar una secuencia en la misma ventana.

5. Para "Database" selecciona "Nucleotide collection".

6. Da clic en: "BLAST".

7. ¿Cuáles otros géneros aparecen entre los resultados?

8. En la parte de "Alignments", da clic en: "Select all" y "Distance Tree of Results". Revisa la página. Aqui existe la opción de bajar un árbol de distancia.

9. Regresa a la ventana anterior con los resultados de BLAST.

10. Da clic en: "Get selected sequences".

11. Selecciona "Display settings", "Format GenBank", "Items per page 100". Da clic en "Apply".

12. Espera mientras la página reformatea y selecciona "Send" y "File". Da clic en "Create File".

13. Abre el archivo en BioEdit y guardarlo con el nuevo nombre "Nopales.fas".

14. En BioEdit, selecciona "Accessory Applications" y "ClustalW".

15. Selecciona "align" y observa la ventana de DOS. ¿Cuáles son los tres pasos principales que realiza el programa durante alineamiento?

16. Realiza otra alineación con ClustalW, pero cambia los defaults para "gap weight" y "gap extension". ¿Cómo compara el alineamiento con el anterior?¿Qué es la longitud total de cada uno?

17. Visita la página http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/online/server/

18. Selecciona "Examinar" y carga el archivo en el escritorio "Nopales.fas".

19. ¿Cuál método se usa MAFFT por defecto? Selecciona "FFT-NS-i".

20. ¿Cuál "scoring matrix" se usa MAFFT por default para nucleótidos?

21. Da clic en "Submit".

22. Da clic en “Reformat”.

23. En la ventana "Output sequence format" selecciona "GenBank" y "Download to File".

24. Da clic en: “Submit”

25. Abre BioEdit.

26. Selecciona "File", "Open as" y "readseq.cgi".

27. ¿Qué es la longitud total del alineamiento?

28. ¿Cómo compara el alineamiento con los dos realizados en Clustal?

29. Regresa a la página de MAFFT con el alineamiento en formato CLUSTAL.

30. Da clic en: "Phylogenetic tree".

31. Selecciona "Average linkage".

32. Da clic en: "Go".

33. Da clic en: "Launch the Archaeopterix applet". Si no funciona, hay que actualizar la versión de Java en la computadora.

34. Cambia la fuente y explora las opciones.

35. ¿Las especies de Opuntia forman un grupo monofilético?

36. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.