MrBayes-Ejercicio

Ronquist, F., and J.P. Huelsenbeck. 2003. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics 19: 1572-1574.

Matriz de ejemplo: primates.nex

Hayasaka, K., T. Gojobori, and S. Horai. 1988. Molecular phylogeny and evolution of primate mitochondrial DNA. Mol. Biol. Evol. 5:626-644.

Inferencia bayesiana

1. Instala el software de MrBayes y revisa el manual en el sitio http://mrbayes.sourceforge.net/

2. Con un editor de texto como "Bloc de notas" abre el archivo "primates.nex" en la carpeta mrbayes-3.1.2. Revisa el archivo. ¿Es lo mismo que está incluido con PAUP*? Inserta el siguiente bloc al final del matriz:

begin mrbayes;

[character set for 3rdpos and noncoding]

charset fast = 4-457\3 662-.\3 1 458-659 897-898;

[charset for 1st and 2ndpos]

charset slow = 2-457\3 660-896\3 3-457\3 661-896\3;

partition twomodels = 2: fast, slow;

outgroup Lemur_catta;

set partition = twomodels;

[designate the HKY+I+G model for fast evolving sites]

lset applyto = (1) nst=2 rates=invgamma ngammacat=4;

[designate the GTR+G model for slow evolving sites]

lset applyto = (2) nst=6 rates=gamma ngammacat=4;

unlink revmat = (all) statefreq=(all) shape=(all);

prset applyto = (all) ratepr=variable;

mcmcp ngen=100000 temp=0.2 samplefreq=100 printall=yes mcmcdiagn=yes diagnfreq=1000 relburnin=yes filename=primate-mtDNA-2models savebrlens=yes;

mcmc;

end;

3. Guarda el archivo como "primate-mtDNA-2models.nex" adentro del mismo carpeta que contiene el archivo "mrbayes".

4. Abre el programa MrBayes.

5. En MrBayes, teclea "exe primate-mtDNA-2models.nex".

6. Mientras corre el análisis, observa la información en la pantalla.

7. Abre el programa Tracer para Windows (http://tree.bio.ed.ac.uk/software/tracer/).

8. Al terminar el análisis en MrBayes, el programa reporte el promedio de la desviación estándar de las frecuencias de grupos y pregunta si quieres continuar. Teclea "N".

9. Abrir el archivo primate-mtDNA-2models.run1.p en Tracer (Import Trace File...").

10. Revisa los estimados para los parametros de LnL, las frecuencias de cambio, Kappa, alpha, etc.

11. Selecciona la pastaña "Trace". Se desplega los valores de LnL para todos los árboles muestreados. ¿Cuántas muestras tarda para que estabilice las cadenas de Markov?

12. En MrBayes teclea "sumt burnin=100". Revisa la información en la pantalla.

13. Abre el archivo primate-mtDNA-2models.tre.con en FigTree. El programa pide un nombre de los valores en los nodos/ramas. Teclea "probabilities"

14. Activa la pestaña "Node Labels". ¿Cuáles valores aparecen en los nodos?

15. En la misma pestaña, cambia "Display" a "probabilities". ¿Cuáles ramas no tienen valores de 1?

16. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.