TnT

Goloboff, P. A., J. S. Farris, and K. C. Nixon. 2008. TNT, a free program for phylogenetic analysis. Cladistics 24: 774-786.

TNT es una muy buena opción para realizar análisis de parsimonia. Emplea varias estrategias de búsqueda heurística superiores a las estrategias empleadas en PAUP*. Estas incluyen búsquedas sectoriales, matraca, deriva y fusión de árboles. En contraste con PAUP, el programa es gratuito.

 

Otras referencias:

Chase, M. W. et al. 1993. Phylogenetics of seed plants: an analysis of nucleotide sequences from the plastid gene rbcL. Annals of the Missouri Botanical Garden 80:528-580.

Goloboff, P. A. 1999. Analyzing large data sets in reasonable times: solutions for composite optima. Cladistics 15: 415-428.

Nixon, K. C. 1999. The parsimony ratchet, a new method for rapid parsimony analysis. Cladistics 15: 407-414.

Búsquedas aproximadas

En este ejercicio vamos a guardar una alineación de secuencias en un formato para TNT. Posteriormente probaremos varias búsquedas heurísticas. Al final, usaremos FigTree para convertir los árboles en figuras.

1. Abre el programa TNT. Lee el aviso "Please, note..." y da clic en "Aceptar".

2. Selecciona "File->Output->Open output file". Guarda el archivo como "Zilla.out".

3. Abre "Zilla.tnt". Está incluida con la distribución de TNT. Lee el aviso que sale antes de continuar.

4. Selecciona "Data->Show taxon status". Para muchas funciones, TNT empieza a contar con 0 en lugar de 1. ¿Cuántos taxa tiene la matriz?

5. Selecciona "Data->Show character status->Show active characters". ¿Cuántos caracteres tiene la matriz?

6. Elige "Analyze->Traditional Search". ¿Qué tipo de árbol usa para iniciar la búsqueda? Verifica que la opción de intercambio es "TBR". Clic en "Search".

7. ¿Cuántos árboles fueron encontrados? ¿Cuántos pasos tuvieron los árboles más parsimoniosos (AMPs) y en cuántas réplicas encontraron el AMP? Compara tus resultados con los de tus compañeros.

8. Elige "Analyze->New Technology search". ¿Cuáles tipos de búsquedas están como default?

9. Clic en "Search". ¿Cuántos árboles fueron encontrados?¿Cuántos pasos tuvieron los AMPs? Compara tus resultados con los de tus compañeros (o con la publicación de Nixon, 1999 o de Goloboff, 1999). Prueba otra opción de búsqueda y revisa la longitud de los árboles más cortos y el número de veces que TnT logra encontrar el mejor árbol.

10. Elige "Trees->View". Observa el árbol. ¿Cuál taxon está designado como el grupo externo?

11. Elige "Data->Outgroup taxon" cambia el outgroup a "Dioon" y da clic en "OK".

12. Elige "Trees->Reroot".

13. Elige "Format->Use Taxon Names".

14. Elige "Data->Export (Nexus format)".

15. Guarda el archivo sobre el escritorio como "Zillaexport.nex".

16. Abre FigTree.

17. Elige "File->Open.." y elige "Zillaexport.nex". Clic en "Abrir".

18. Da clic en las flechas arriba de "Prev/Next" para ver como varian los AMPs. Puedes ajustar "Expansion" para aumentar la distancia entre los nombres de los taxa. ¿Cuáles géneros varian en posición entre los AMPs?

19. Elige "File->Export PDF.." y guardar el árbol en la pantalla en su escritorio. Este archivo puede ser abierto y editado en programas como Adobe Illustrator (para publicación) o Microsoft Powerpoint (para presentaciones).

20. Regresa a TnT y elige "Analyze->New Technology search". Selecciona "Ratchet" y da clic en (Ratchet) "settings".

21. Aumenta el número de iteraciones de 10 a 25 y clic en "OK".

22. Da clic en "Search".

23. Elige "Trees->Consensus". Lee la ventana y clic en "OK".

24. Teclea "Esc" y "Data->Export (Nexus format)" y guarda el archivo como "Zillaexportcons.nex".

25. Elige "Analyze->Traditional search". Selecciona "trees from RAM" y clic en "Search". Cuántos árboles fueron encontrados? Para subir el número de árboles guardados, elige "Settings->Memory". Por defecto, el número máximo de árboles guardados es 100.

26. Elige "Trees->Consensus" y clic en "OK".

27. Teclea "Esc" y "Data->Export (Nexus format)" y guarda el archivo como "Zillaexport-masreps-cons.nex".

28. Abre FigTree si no está abierto y abre el archivo "Zillaexportcons.nex". Compara este archivo con "Zillaexport-masreps-cons.nex".

29. Elige "Analyze->Resampling" y especifica un bootstrap "standard" con 50 réplicas (un número bastante bajo, sólo para la demostración) y "new tech search". Clic en "OK". El análisis debe tardar unos minutos. Los valores de bootstrap pueden ser transferidos a las ramas correspondientes en uno de los AMPs o en el consenso.

30. Cierra los programas. El manual de TNT incluye los artículos más pertinentes de los análisis posibles con el software.