garli-Ejercicio

Zwickl D.J. 2006. Genetic algorithm approaches for the phylogenetic analysis of large biological sequence datasets under the maximum likelihood criterion: The University of Texas at Austin.

Matriz de ejemplo: http://www.mexicanconifers.org/content/primate-interleave

Hayasaka, K., T. Gojobori, and S. Horai. 1988. Molecular phylogeny and evolution of primate mitochondrial DNA. Mol. Biol. Evol. 5:626-644.

Máxima verosimilitud con garli

1. Abre un editor de texto como "bloc de notas".

2. Abre el archivo "primate-mtDNA-interleaved.nex". Revisa la información al final del archivo sobre los caracteres. Están designado juegos de caracteres como "coding", "noncoding", "1stpos", etc. Una posibilidad para designar particiones es dividir la matriz en dos que corresponden a sitios rápidos y sitios lentos. Después de la linea "charset 3rdpos = 4-457\3 662-.\3" inserta "charpartition 2models = fast: 3rdpos noncoding, slow: 1stpos 2ndpos;". Guarda el archivo como "primate-mtDNA-2models.nex".

3. En el ejercicio anterior, aplicamos la prueba de AIC en jmodeltest para elegir el mejor modelo para las particiones. Consulta los resultados en la página http://www.mexicanconifers.org/cursos/archivos/primate-models.

4. Guarda "primate-mtDNA-2models.nex" en la misma carpeta de la computadora con el archivo de programa de Garli-2.0 (en la carpeta garli2.0-Win/bin).

5. Se requiere el archivo "garli.conf" para cada nueva análisis. Abre el archivo "garli.conf" en un editor de texto y revísalo.

6. También abre el archivo "garli.3diffModels.smallData.conf" y revísalo. Revisa la información sobre el uso de particiones en el sitio https://www.nescent.org/wg_garli/Using_partitioned_models.

7. En este archivo, cambia "datafname = YOURDATAFILE.nex" a "datafname = primate-mtDNA-2models". También cambia "ofprefix = 3diffModels" a "ofprefix = primate-mtDNA-2Models".

8. Para aplicar el modelo para la partición "fast", en el bloque que corresponde a "[model1]" cambia "ratematrix = ( 0 1 2 2 3 4 )" a "ratematrix = 2rate" y "invariant sites = none" a "invariant sites = estimate".

9. Para aplicar el modelo para la partición "slow", en el bloque que corresponde a "[model2]" cambia "ratematrix = ( 0 1 2 2 3 4 )" a "ratematrix = ( 0 1 0 2 1 2 )" y verifica que "invariant sites = none".

10. Elimina el bloque de datos que corresponde a [model3].

11. Guarda el archivo bajo el nombre "garli.conf" en garli2.0-Win/bin.

12. Haz doble clic en Garli.exe. Revisa la información que sale en la pantalla.

13. Cuando termine el análisis, revisa si las diferentes réplicas encontraron árboles diferentes. Usa FigTree para abrir el archivo primate-mtDNA-2models.best.all.tre.  

14. ¿Cómo compara el mejor árbol con el árbol que se encuentra con parsimonia o con neighbor-joining?

15. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.