garli-Ejercicio-2

garli-Ejercicio

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Zwickl D.J. 2006. Genetic algorithm approaches for the phylogenetic analysis of large biological sequence datasets under the maximum likelihood criterion: The University of Texas at Austin.

Matriz de ejemplo: conifer-rbcL.nex

Máxima verosimilitud con garli

1. Abre un editor de texto como "bloc de notas".

2. Copia el archivo "conifer-rbcL.nex" y pegarlo en "bloc de notas". Revisa la información al final del archivo sobre los caracteres. Están designado juegos de caracteres "1stpos", "2ndpos" y "3rdpos". Una posibilidad para designar particiones es dividir la matriz en tres subsets que corresponden a las tres posiciones del codón. Después de la linea "charset 3rdpos = 3-1380\3" inserta la línea "charpartition bycodon = first: 1stpos, second: 2ndpos, third: 3rdpos;".

3. Guarda el archivo como "conifer-rbcL-conifer-rbcL-bycodonpos.nex" en la misma carpeta de la computadora con el archivo de programa de Garli-2.0 (en la carpeta garli2.0-Win/bin).

4.  Consulta los resultados de la prueba AIC para las particiones en la página conifer-rbcL-models.

5. Se requiere el archivo "garli.conf" para cada nueva análisis. Abre el archivo "garli.conf" en un editor de texto y revísalo.

6. También abre el archivo "garli.3diffModels.smallData.conf" y revísalo (busca en la carpeta /example/partition/templateConfigs). Revisa la información sobre el uso de particiones en el sitio https://www.nescent.org/wg_garli/Using_partitioned_models.

7. En este archivo, cambia "datafname = YOURDATAFILE.nex" a "datafname = conifer-rbcL-bycodonpos.nex". También cambia "ofprefix = 3diffModels" a "ofprefix = conifer-rbcL-conifer-rbcL-bycodonpos".

8. Para aplicar el modelo para la partición "1stpos", en el bloque que corresponde a "[model1]" cambia los parámetros en "ratematrix" a "ratematrix = ( 0 1 2 3 4 5 )" y "invariant sites = none" a "invariant sites = estimate". Verifica que "ratehetmodel = gamma" y "numratecats = 4".

9. Para aplicar el modelo para la partición "2ndpos", en el bloque que corresponde a "[model2]" cambia los parámetros en "ratematrix" a "ratematrix = ( 0 1 0 0 1 0 )" y verifica que "invariant sites = estimate". Verifica que "ratehetmodel = gamma" y "numratecats = 4".

10. Para aplicar el modelo para la partición "3rdpos", en el bloque que corresponde a "[model3]" cambia los parámetros en "ratematrix" a "ratematrix = ( 0 1 2 3 1 4 )" y verifica que "invariant sites = estimate". Verifica que "ratehetmodel = gamma" y "numratecats = 4".

11. Guarda el archivo bajo el nombre "garli.conf" en garli2.0-Win/bin.

12. Haz doble clic en Garli.exe. Revisa la información que sale en la pantalla.

13. Cuando termine el análisis, revisa si las diferentes réplicas encontraron árboles diferentes. Usa FigTree para abrir el archivo conifer-rbcL-conifer-rbcL-bycodonpos.best.all.tre.  

14. ¿Cómo compara el mejor árbol con el árbol que se encuentra con parsimonia o con neighbor-joining?

15. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.