jModeltest

Guindon S, and T. Gascuel. 2003. A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Systematic Biology 52: 696-704.

Posada D., and K.A. Crandall. 1998. Modeltest: testing the model of DNA substitution. Bioinformatics 14: 817-818.

Posada, D., and T. Buckley. 2004. Model selection and model averaging in phylogenetics: advantages of Akaike Information Criterion and Bayesian approaches over likelihood ratio tests. Systematic Biology 53: 793-808.

Posada, D. 2008. jModelTest: Phylogenetic Model Averaging. Molecular Biology and Evolution 25: 1253-1256.

Swofford, D. L. 2003. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

Eligiendo un modelo de sustitución

Matriz de ejemplo: http://www.mexicanconifers.org/content/primate-interleave

Hayasaka, K., T. Gojobori, and S. Horai. 1988. Molecular phylogeny and evolution of primate mitochondrial DNA. Mol. Biol. Evol. 5:626-644.

1. Abre PAUP*

2. Abre el archivo "primate-mtDNA-interleaved.nex" usando "edit mode". Revisa la información al final del archivo sobre los caracteres. Están designado juegos de caracteres como "coding", "noncoding", "1stpos", etc. Una posibilidad para designar una partición es dividir la matriz en dos partes ("subsets") que corresponden a sitios codificantes y sitios no codificantes.

3. Selecciona "File", "Open (execute)".

4. En PAUP*, teclea "exclude noncoding".

5. Teclea "export file=primate-coding.nex format=nexus".

6. Teclea "include all".

7. Teclea "exclude coding".

8. Teclea "export file=primate-noncoding.nex format=nexus".

9. Teclea "include all".

10. Teclea "exclude 1stpos 2ndpos noncoding".

11. Teclea "export file=primate-3rdpos.nex format=nexus".

12. Teclea "include all".

13. Teclea “exclude 1stpos 3rdpos noncoding”.

14. Teclea “export file=primate-2ndpos.nex format=nexus”.

15. Teclea "include all".

16. Teclea "exclude 2ndpos 3rdpos noncoding".

17. Teclea "export file=primate-1stpos.nex format=nexus".

18. Abre jModeltest.jar. Está ubicada en la carpeta "jmodeltest0.1/jModeltest0.1package/".

19. En jModeltest, abre el archivo "primate-coding.nex" (otros compañeros del clase pueden abrir los otros archivo, p. ej. "primate-noncoding.nex") selecciona "File" y "Load DNA alignment".

20. Para estimar el valor de verosimilitud bajo 88 modelos selecciona "Analysis" y "Compute Likelihood Scores". ¿Cómo va a escoger el árbol por defecto? Mientras corre el análisis, observa la información en la pantalla.

21. Para llevar a cabo una prueba de AIC, selecciona "Analysis" y "Do AIC calculations". En la pantalla que sale, selecciona "write PAUP block" y ajuste el intervalo de confianza a 95%.

22. ¿Cuántos modelos hay en el intervalo de confianza de 95%? ¿Qué relación tienen con las pesas cumulativas de Akaike que aparecen en la tabla?

23. Calcula los valores de BIC en "Analysis". ¿Fue eligido el mismo modelo?