Máxima verosimilitud-Ejercicio

Posada D. and K.A. Crandall. 1998. Modeltest: testing the model of DNA substitution. Bioinformatics 14: 817-818.

Posada, D., and T. Buckley. 2004. Model selection and model averaging in phylogenetics: advantages of Akaike Information Criterion and Bayesian approaches over likelihood ratio tests. Systematic Biology 53: 793-808.

Posada, D., and K. A. Crandall. 2001. Selecting the best-fit model of nucleotide substitution. Systematic Biology 50: 580-601.

Swofford, D. L. 2003. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

 

Un ejemplo en PAUP*

1. Abre PAUP*.

2. En PAUP*, abre primate-mtDNA-interleave.nex (mode "execute").

3. Teclea "set criterion=likelihood".

4. Para estimar la filogenia bajo el mejor modelo (sin particiones) con AIC, teclea "Lset base=est nst=6  rmat=est  rates=gamma shape=est ncat=4 pinvar=0"

5. Teclea "hs" y espera que termina el análisis. Revisa la información que sale en la pantalla en PAUP*.

6. Cuando termina, teclea "des /plot=phylo". Anota el valor de log verosimilitud.

7. Teclea "savetrees /brlens file=primatesml.tre. Examina el archivo en un editor de texto. ¿Los números que describen las longitudes de ramas son enteros?

8. Para estimar la filogenia bajo un reloj molecular, teclea "Lset base=est nst=6  rmat=est  rates=gamma shape=est ncat=4 pinvar=0 clock=yes".

9. Teclea "hs" y espera que termina el análisis.

10. Cuando termina, teclea "des". Es la topología idéntica al análisis sin reloj? Anota el valor de log verosimilitud.

11. Teclea "savetrees /brlens file=primatesmlc.tre. Examina el archivo en un editor de texto.

12. Aplica la prueba de razones de verosimilitud para probar la hipótesis de un reloj molecular.

13. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.