Modeltest-Ejercicio

Posada D and K.A. Crandall. 1998. Modeltest: testing the model of DNA substitution. Bioinformatics 14: 817-818.

Posada, D., and T. Buckley. 2004. Model selection and model averaging in phylogenetics: advantages of Akaike Information Criterion and Bayesian approaches over likelihood ratio tests. Systematic Biology 53: 793-808.

Posada, D., and K. A. Crandall. 2001. Selecting the best-fit model of nucleotide substitution. Systematic Biology 50: 580-601.

Swofford, D. L. 2003. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

Eligiendo un modelo de sustitución

1. Abrir PAUP*.

2. En PAUP*, abrir primate-mtDNA-interleaved.nex (mode "execute").

3. Revisa el archivo Modelblock.nex. ¿Cuántos modelos serán evaluados? Guarda el archivo sobre el escritorio.

3. En PAUP*, abrir Modelblock.nex (mode "execute"). Espera mientras PAUP* calcula la verosimilitud.

4. Además de guardar un log file (modelfit.og), el archivo modelblock usa el comando "scorefile=model.scores" para guardar un archivo con los datos relevantes del árbol baja cada modelo. Revisa el archivo. ¿Cuáles datos contiene el archivo?

5. Visita la página http://darwin.uvigo.es/software/modeltest_server.html.

6. En la sección de "Input file", selecciona "Browse..." y carga el archivo de model.scores que generó PAUP*.

7. En la sección de "Information Criterion options" hay un campo para indicar el número de taxa en la matriz. Proporciona el número (12).

8. En la sección de "Analysis", proporciona un nombre para el análisis.

9. Selecciona "Submit".

10. Revisa los resultados. Esta versión de Modeltest elige el mejor modelo con dos pruebas, el "hierarchical likelihood ratio test" y el "Akaike information test". ¿Cual modelo elige cada prueba?

11. También en el resultado hay una sugerencia para implementar el modelo en PAUP* ("PAUP* Commands Block"). Cuando los modelos son suficientemente complejos, las instrucciones proporcionan la frecuencia de bases y la tasa de cambio entre nucleótidos. Sin embargo, PAUP* y otros programas de verosimilitud e inferencia Bayesiana pueden estimar estos parametros durante el análisis y no siempre es coveniente proporcionarlos.

12. Para ver el árbol que fue usado por Modeltest para calcular el log verosimilitud, en PAUP*, teclea "DSet distance=JC objective=ME base=equal rates=equal pinv=0". Estos son los comandos cerca del inicio del archivo "Modelblock".

13.  Teclea "set criterion=distance". 

14. Teclea "NJ showtree=yes". Revisa el árbol.

15. Teclea "set criterion=likelihood".

16. Copia el comando que sugiere Modeltest para implementar el mejor modelo encontrado bajo AIC en la línea de comando de PAUP* (empezando con "Lset", o si prefieres, puedes pegar el bloque completo al final de la matrix y volver a ejecutar la matriz.

17. Teclea "hs /addseq=rand nreps=5".  

18. Teclea "des /plot=phylo". Revisa la información que sale en la pantalla en PAUP*.

19. Compara el árbol de verosimilitud con el árbol de neighbor joining. ¿Presentan diferencias?

20. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.