PAUP-ILD

Swofford, D. L. 2003. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

La prueba de incongruence length difference

Farris J., Kallersjo M., Kluge A. and C. Bult. 1995. Testing significance of incongruence, Cladistics 10: 315–319.

 

1. Abre PAUP.

2. Abre Pinaceaecomb.nex con algún editor de texto y revisa el archivo. Toma nota de los comandos al final de la matríz de datos en los bloques de "assumptions" o suposiciones. En el bloque de suposiciones se puede indicar la posición de cada fuente de datos en la matriz de la siguiente manera:

begin assumptions;
charset morphology = 1-266;
charset molecules = 267-3104;
charset matK = 267-1842;
charset rbcL = 1843-3104;
end;

3. También se puede emplear un bloque de "paup" para excluir characteres, remover taxa, designar el grup externo, etc. En este bloque de paup, el propósito de usar "delete" es eliminar taxones fósiles que no cuentan con datos moleculares. Por ejemplo:

begin paup;
set maxtrees=1000 increase=no;
delete 19-58;
outgroup Ginkgo_biloba;
charpartition morphmol = morphology:1-266, mol:267-3104;
charpartition genes = matK:267-1842, rbcL: 1843-3104;
end;

4. Teclea "log file=Pinaceae-comb.txt".

5. Teclea "exe Pinaceaecomb.nex".

6. Antes de realizar la prueba de incongruence length difference (="partition homogeneity test"), teclea "exclude uninf".

7. Toma nota que en el bloque de paup, hay un comando "charpartition morphmol" que indica la posición de las particiones entre los caracteres morfológicos y moleculares. Teclea "hompart partition=morphmol nreps=500".

8. Espera el resultado. ¿Cuántos pasos tiene la suma del número de pasos en cada partición? ¿Es significativo con respecto las sumas que resultan a emplear particiones asignadas al azar?

9. También se puede realizar una prueba de incongruencia para dos (o más) particiones moleculares. Teclea "exclude morphology".

10. Teclea "hompart partition=genes nreps=500". ¿El resultado es significativo?

11. Teclea "log stop".

12. Teclea "quit".