Análisis de distancia

Hayasaka, K., T. Gojobori, and S. Horai. 1988. Molecular phylogeny and evolution of primate mitochondrial DNA. Mol. Biol. Evol. 5:626-644.

1. Revisa el archivo y guárdalo sobre el escritorio.

2. Abre PAUP.

3. Selecciona "File", "Open (execute)" y "primate-mtDNA-interleaved.nex".

4. En un editor de texto (p. ej., el mismo editor de texto de PAUP) guarda el siguiente block de comandos en la misma carpeta con el archivo de secuencias de mtDNA:

begin paup;

set autoclose=yes;

log replace=yes file=analisis_distancia.txt; [Guardar un archivo con los resultados del análisis]

showmatrix; [No es recomendable si la matriz es muy grande]

dset /distance=total;

showdist;

nj;

dset/distance=jc;

showdist;

nj;

dset /distance=k2p;

showdist;

upgma;

nj;

dset /distance=GTR;

showdist;

upgma;

nj;

savetrees /brlens replace=yes file=primatesNJ.tre;

log stop;

end;

5. Abre el archivo en modo “execute”. Si tienes el archivo abierto en el editor de PAUP, puedes teclear Ctrl-S y después Ctrl-R

6. Teclea "quit".