PAUP-Distancias

Swofford, D. L. 2003. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

Métodos de distancia

 

1. Abre PAUP.

2. Teclea "log file=conifer.log replace=yes".

3. Revisa el archivo conifer-rbcL.nex y guardalo en la carpeta de PAUP.

4. Abre el archivo conifer-rbcL.nex ("mode" "execute").

5. Teclea "set criterion=distance".

6. Para "corregir" un bug en PAUP, teclea "NJ showtree=no".

7. Teclea "factory".

8. Teclea "set autoclose=yes maxtrees=1000 increase=auto torder=left taxlabels=full warnroot=no".

9. Teclea "cleartrees nowarn=yes".

10. Teclea "upgma". ¿Qué significancia tienen las longitudes de ramas?

11. Teclea "outgroup Ginkgo".

12. Teclea "upgma". ¿Ginkgo aparece como el grupo externo?

13. Teclea "showdist". ¿Cuál tipo de distancias muestra por defecto?

14 Teclea "dset distance=jc".

15. Teclea "showdist". ¿Están las matrices diferentes? Cuáles distancias varian más, las distancias pequeñas o las grandes?

16. Teclea "dset distance=K2p negbrlen=prohibit missdist=ignore".

17. Teclea "nj treefile=coniferNJk2p.tre brlens=yes". ¿Qué procede en PAUP en el caso de empates?

18. En contraste con UPGMA y NJ, el método de mínimos cuadrados sin pesos usa un criterio de optimización--minimiza la discrepancia entre las distancias en la matríz y las longitudes de ramas del árbol. Teclea "dset distance=K2P objective=LSFit power=0 negbrlen=prohibit missdist=ignore".

19. Teclea "hsearch addseq=random start=stepwise nreps=100 swap=TBR". Se PAUP ofrece subir "maxtrees" responde "no". ¿Por qué se tarda más el análisis?

20. Si parece que no va a terminar el análisis pronto, teclea "CTRL-C" y después "des /plot=phylo".

21. Teclea "savetrees file=coniferMCp.tre brlens=yes".

22. Teclea "contree / strict=yes treefile=coniferMCcon.tre".

23. Teclea "dset distance=K2P objective=ME negbrlen=prohibit missdist=ignore".

24. Teclea "hsearch addseq=random start=stepwise nreps=100 swap=TBR".

25. Teclea "des /plot=phylo".

26. Teclea "savetrees file=coniferMEp.tre brlens=yes".

27. Teclea "contree / strict=yes treefile=coniferMEcon.tre".

28. Teclea "log stop".

29. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.