PAUP Búsquedas aproximadas

Swofford, D. L. 2003. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

Búsquedas heurísticas

Matriz de ejemplo: conifer-rbcL.nex

1. Abre PAUP.

2. En PAUP, abre conifer-rbcL.

3. Guarda el archivo en la computadora.

4. Abre el archivo "coniferrbcL.nex" en la modalidad "execute".

5. Para llevar a cabo una búsqueda exacta, teclea "bandb". Observa 2-3 minutos. ¿Por qué no avanza más rápido la búsqueda?

6. Haz click en "stop" para cancelar la búsqueda.

7. Para búsquedas heurísticas, el número de árboles que guarda PAUP es muy bajo. Se puede subir el número máximo de árboles que guarda con "set maxtrees=200 increase=no". Para mejores búsquedas, se puede subir el límite hasta varias miles.

8. Para realizar una búsqueda heurística, teclea "hs". ¿Qué método de adición secuencial y de intercambio de ramas usa PAUP por default?

9. ¿Cuántos pasos tiene el AMP?

10. Teclea "outgroup Ginkgo".

11. Teclea "des /root=outgroup".

12. Para guardar el árbol de consenso estricto y el árbol de mayoría, teclea "cont /maj file=conifersimpleaddc.tre".

13. Teclea "hs /addseq=rand nreps=50".  

14. ¿Cuántos pasos tiene el AMP después de cambiar la adición secuencial?

15. ¿Cuántos AMPs son? ¿Son todos los posibles, o hace falta subir el límite de maxtrees? ¿Cuántos islas fueron encontradas?

16. Teclea "cont /maj file=conifersrandomaddc.tre"

17. Guarda el archivo conifer-rbcL-ratchet en la computadora como "coniferrbcLrat.nex". Se puede modificar los archivos de Nexus para realizar búsquedas de matraca con PRAP2.

18. Para revisar los comandos después de la matriz de caracteres, selecciona "File", "Open", "Edit" y "coniferrbcLrat.txt".

19. ¿Qué peso se va a aplicar la matraca en cada réplica?

20. ¿Cuántas réplicas de matraca va a aplicar?

21. Selecciona "File", "Open", "Execute" y "coniferrbcLrat.nex".

22. ¿Cuántos pasos tienen los AMPs con la matraca?

23. ¿Los AMPs varian en su CI, RI o RC?

24. ¿Cuántos AMPs son?

25. Teclea "outgroup Ginkgo".

26. Teclea "des /plot=phylo root=outgroup".

27. Teclea "savetrees /brlens file=conrbcLp.tre".

28. Teclea "cont /adams file=coniferratc.tre".

29. Abre FigTree.

30. Abre los tres archivos con árboles de consensus (conifersimpleaddc.tre, conifersrandomaddc.tre y coniferratc.tre).

31. ¿Difieren los árboles de consenso para las tres búsquedas? ¿Por qué?

32. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.