PAUP-Pesos

Swofford, D. L. 2003. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

Parsimonia con pesos

Matriz de ejemplo: primate-mtDNA-interleave.nex

1. Abre PAUP.

2. Abre primate-mtDNA-interleaved.nex

3. Guarda el archivo sobre el escritorio.

4. log file=ex4.txt

5. exe primate-mtDNA-interleaved.nex

6. bandb

7. Cuando termina el análisis: "close"

8. outgroup Lemur_catta Tarsius_syrichta Saimiri_sciureus

9. des /root=outgroup

10. ¿Qué es el grupo hermano a Homo?

11. des /outroot=monophyl

12. cont /maj

13. savetrees /brlens file=ex4p.tre

14. cont /maj file=ex4c.tre

15. Verifica que el archivo NEXUS incluye una matriz de costos.

16. ctype 2_1: 2-457

17. bandb

18. des

19. ¿Qué es el grupo hermano a Homo?

20. ctype 3_1: all

21. bandb

22. des

23. savetrees /brlens file=ex4wt3_1p.tre

24. ctype unord: all

25. bandb

26. des

27. reweight

28. ¿Cuál índice usó PAUP para asignar los pesos?

29. bandb

30. ¿La longitud del árbol es lo mismo que la búsqueda anterior?

31. reweight

32. bandb

33. reweight

34. bandb

35. ¿La longitud del árbol es lo mismo que la búsqueda anterior?

36. des

37. reweight ?

38. log stop

39. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.