PAUP-comandos básicos

Swofford, D. L. 2003. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

En este ejercicio vamos a analizar una matriz de ejemplo incluido con PAUP, primate-mtDNA-interleaved.nex. Primero vamos a probar unos comandos útiles en command line y despues vamos a correr un batch file que lleva a cabo un serie de búsquedas y bootstraps.

Hayasaka, K., T. Gojobori, and S. Horai. 1988. Molecular phylogeny and evolution of primate mitochondrial DNA. Mol. Biol. Evol. 5: 626-644.

1. Revisa el archivo primate-mtDNA-interleaved.nex y guardalo sobre el escritorio.

2. Abre PAUP.

3. Teclea "exe primate-mtDNA-interleave.txt".

4. Para mantener un archivo que guarde todos los pasos del análisis, teclea "log file=primate.txt".

5. Para revisar la matriz, teclea "showm".

6. Para ver el estatus de los taxa en la matriz, teclea "ts" (taxon status).

7. Para designar un grupo de taxa, teclea "taxset Macaca = Macaca_fuscata M._mulatta M._fascicularis M._sylvanus".

8. Para no considerar los taxa en este grupo en los análisis posteriores, teclea "delete Macaca".

9. Para volver a ver el estatus de los taxa en la matriz, teclea "ts". Ya no están incluidas las especies del género Macaca.

10. Para volver a considerar los taxa, teclea "restore Macaca".

11. Para ver cuantos caracteres tiene la matriz, y cuantos son variables y informativas, teclea "cs" (character status).

12. Para excluir los caracteres codificantes en los análisis posteriores, teclea "exclude 2-457 660-896". Porque la matriz ya cuenta con una definición de los mismos caracteres codificantes en el PAUP block, otra manera de excluir estos caracteres es "exclude coding".

13. Para restaurar los caracteres codificantes en los análisis posteriores, teclea "include coding".

14. Para revisar la frecuencia de cada nucleótido, teclea "basefreq". Identifica cuál de los cuatro nucleótidos está en menor abundancia en la matriz.

15. Para dejar de registrar el log file teclea "log stop".

16. Ahora vamos a abandonar el "command line" y correr un archivo de instrucciones como batch file. Estas instrucciones van a servir para correr un serie de búsquedas bajo distancia y parsimonia. Da clic en esta liga PAUP block y bajar el archivo al escritorio. Regresa a PAUP y teclea "exe PAUPBlock.txt".

17. Puedes revisar los árboles (*.tre) en TreeView o Figtree. Los mismos programas sirven para guardar árboles como imágenes para presentaciones o para publicaciones.

18. Observa el avance del batch file en PAUP. Al final, puedes examinar el archivo del log file en un editor de texto y los archivos de árboles en FigTree para comparar los resultados.

19. Cierra los programas.