PAUP-Taxa, caracteres y distancias

Swofford, D. L. 2003. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

Caracteres, taxa y distancias

Hayasaka, K., T. Gojobori, and S. Horai. 1988. Molecular phylogeny and evolution of primate mitochondrial DNA. Mol. Biol. Evol. 5:626-644.

1. Revisa el archivo y guardalo sobre el escritorio.

2. Abre PAUP.

3. Selecciona "File", "Open (execute)" y "primate-mtDNA-interleaved.nex".

4. Para mantener un archivo que guarde todos los pasos del análisis, teclea "log file=ex1.txt".

5.  Para ver los comandos principales disponibles, teclea "?".

6. Para ver las opciones para el comando "set" teclea "set ?".

7. Para revisar la matriz, teclea "showm".

8. Para ver el estatus de los taxa en la matriz, teclea "ts" (taxon status).

9. Teclea "delete M._sylvanus".

10. Vuelva a teclear "ts".

11. Teclea "restore M._sylvanus".

12. Para designar un grupo de taxa, teclea "taxset Macaca = Macaca_fuscata M._mulatta M._fascicularis M._sylvanus".

13. Para no considerar los taxa en este grupo en los análisis posteriores, teclea "delete Macaca".

14. Para volver a ver el estatus de los taxa en la matriz, teclea "ts". Ya no están incluidas las especies del género Macaca.

15. Para volver a considerar los taxa, teclea "restore Macaca".

16. Para ver cuantos caracteres tiene la matriz, y cuantos son variables e informativas, teclea "cs" (character status). ¿Cuántos caracteres tiene la matriz, cuántos son variables pero no informativos y cuantos son informativos?

17. Para excluir los primeros 100 caracteres, teclea "exclude 1-100". Esta manera de excluir caracteres funciona bien cuando la calidad de secuencias al inicio de la base de datos no es confiable. De igual manera, se pueden excluir las últimas posiciones del alineamiento.

18. Teclea "cs".

19. Para restaurar los primeros 100 caracteres, teclea "include 1-100".

20. Para excluir las terceras posiciones, teclea "exclude 3rdpos".

21. Teclea "cs".

22. Teclea "include all".

23. Para revisar la frecuencia de cada nucleótido, teclea "basefreq". ¿Cuál de los cuatro nucleótidos está en menor abundancia en la matriz?

24.  Para revisar las distancias genéticas entre taxa, teclea "showdist".

25. Teclea "dset ?".

26. Teclea "dset /distance=total".

27. Teclea "showdist".¿Que significan ahora los valores generados para cada par de taxa?

28. Teclea "dset /distance=k2p".

29. Teclea "showdist".

30. Para dejar de registrar el log file teclea "log stop".

31. Teclea "quit".

32. Cierra los programas, limpia el escritorio y apaga la computadora.