Sistematica Molecular

Curso Optativa de elección en el Posgrado de Ciencias Biológicas
Semestre 2015-2
enero a mayo de 2015
martes y jueves 9 - 11 am, Aula 1 Instituto de Biología


Profesores

Dr. Alejandro Zaldívar

Dr. David Gernandt

Dra. Carolina Granados Mendoza


TEMARIO

1. Características básicas de los datos moleculares.
Teoría: la estructura del DNA y RNA; genomas; genes codificantes y no codificantes; nucleótidos, codones y aminoácidos; tipos de sustituciones: transiciones, transversiones, inserciones, deleciones; tasas de sustitución relativas; posiciones del codón; incongruencia entre particiones moleculares; homología.
Práctica: la técnica de Sanger, BioEdit, Geneious, GenBank. 
 
2. Alineamiento.
Teoría: alineación por pares, alineación de secuencias múltiples
Práctica: BLAST, CLUSTAL, MAFFT, MUSCLE.
 
3. Parsimonia.
Teoría: árboles de consenso búsquedas exactas y heurísticas, algoritmos de Fitch y Sankoff; análisis combinado, reconstrucción de estados, variantes de parsimonia, índice de Bremer, jackknife, bootstrap, compatibilidad, propiedades estadísticas de la parsimonia.
Práctica: TreeBASE, FigTree, PAUP*, TNT, Mesquite.
 
4. Modelos de sustitución y selección de modelos.
Teoría: modelos; matrices Q, R y Π; modelos de sustitución para nucleótidos, aminoácidos y codones; modelos para caracteres morfológicos.
Práctica: Modeltest.
 
5. Métodos de distancia.
Teoría: UPGMA, mínimos cuadrados, mínima evolución, neighbor-joining.
Práctica: PAUP*.
 
6. Máxima verosimilitud.
Teoría: similitudes y diferencias con parsimonia; verosimilitud como logaritmo natural; cálculo de la verosimilitud de un árbol: encontrar al árbol de máxima verosimilitud: método exhaustivo y estrategias empíricas.
Práctica: PAUP*, RAxML y Garli.
 
7. Inferencia Bayesiana.
Teoría: relación con máxima verosimilitud; probabilidades previas y posteriores; cadenas de Markov; modelos particionados.
Práctica: MrBayes, Tracer, TreeAnnotator, FigTree.
 
8. Relojes moleculares.
Teoría: Constancia de tasas de sustitución, árboles linearizados, relojes locales, relojes relajados, autocorrelación de tasas de sustitución.
Práctica: BEAST, Tracer, TreeAnnotator, FigTree.
 
9. Pruebas de topologías de árboles.
Teoría: discordancia genealógica, Prueba de Templeton, Prueba de Kishino-Hasegawa, Prueba de Shimodaira-Hasegawa, Prueba de SOWH.
Práctica: PAUP*, Mesquite.